第二臨床醫(yī)學院溯源于1926年5月創(chuàng)辦的上海私立東南醫(yī)科大學醫(yī)學專業(yè)，歷經(jīng)上海東南醫(yī)學院和安徽醫(yī)學院醫(yī)療系、安徽醫(yī)科大學臨床醫(yī)學系、第一臨床學院（第一附屬醫(yī)院）等發(fā)展階段。2014年8月，學校進行臨床醫(yī)學院體制改革，確立第二臨床醫(yī)學院（第二附屬醫(yī)院）建制。學院以第二附屬醫(yī)院為依托，匯聚安徽醫(yī)大最優(yōu)質(zhì)教育教學資源，實行“院院合一”體制。

安徽醫(yī)科大學第二附院醫(yī)院2008年開診，2013年在安徽省率先按照原衛(wèi)生部部頒標準通過國家三級醫(yī)院等級評審， 2017年初在安徽省首家通過JCI評審，成為國內(nèi)第十家獲得JCI國際認證的學術型醫(yī)學中心醫(yī)院。學院現(xiàn)有臨床醫(yī)學“5+3”一體化、臨床醫(yī)學“5+3”一體化（兒科學）、臨床醫(yī)學（五年制）、臨床醫(yī)學（兒科學方向）、兒科學、眼視光醫(yī)學、麻醉學、康復治療學等8個專業(yè)（專業(yè)方向），均為安醫(yī)大重點品牌專業(yè)，辦學經(jīng)驗豐富，師資力量雄厚。2017年學院組建代表隊參加華東區(qū)和全國醫(yī)學生臨床技能大賽，均取得一等獎。2018年參賽學校代表隊再獲華東區(qū)特等獎、全國一等獎。

截至2020年6月，學院在校學生2599人，分別安排梅山路和翡翠路兩個校區(qū)。學生日常管理由第二臨床醫(yī)學院學生黨總支具體負責?？傊?014年8月由原第一臨床學院第二黨總支直接轉(zhuǎn)制而來?，F(xiàn)有管理隊伍17人，其中書記1人（正處級），副書記2人（副處級），輔導員14人，全部具有碩士研究生學歷，其中高級職稱5人。學生管理隊伍綜合素質(zhì)優(yōu)秀，教育管理業(yè)務精良，經(jīng)驗豐富，作風扎實。近年來先后8人次獲得全國輔導員技能大賽二等獎、華東片區(qū)和安徽省輔導員技能大賽特等獎、一等獎，省輔導員年度人物、省大學生就業(yè)、創(chuàng)業(yè)課程教學比賽一等獎，擁有學校唯一一個省級弘揚核心價值觀名師工作室 ——“醫(yī)路同行”心理健康教育工作室。2016年再次獲得省核心價值觀名師工作室資助。近年總支連續(xù)3次獲得校優(yōu)秀基層黨組織光榮稱號，連續(xù)多次獲得學校黨建考核和發(fā)展考核先進單位、安全考核先進等榮譽。2019年總支一支部獲批教育部全國黨建工作樣板支部培育創(chuàng)建單位。

第二臨床醫(yī)學院溯源于1926年5月創(chuàng)辦的上海私立東南醫(yī)科大學醫(yī)學專業(yè)，歷經(jīng)上海東南醫(yī)學院和安徽醫(yī)學院醫(yī)療系、安徽醫(yī)科大學臨床醫(yī)學系、第一臨床學院（第一附屬醫(yī)院）等發(fā)展階段。2014年8月，學校進行臨床醫(yī)學院體制改革，確立第二臨床醫(yī)學院（第二附屬醫(yī)院）建制。學院以第二附屬醫(yī)院為依托，匯聚安徽醫(yī)大最優(yōu)質(zhì)教育教學資源，實行“院院合一”體制。

學院總支多年來圍繞學校立德樹人中心工作，堅持以“育優(yōu)秀醫(yī)學人才，創(chuàng)先進總支團隊”為根本，以黨建和思想政治工作為龍頭，以安全發(fā)展為基礎，以學風建設為主線，以醫(yī)學人文融通為特色，以服務學生立志、立身、立業(yè)為出發(fā)點和落腳點，堅持“教育領先，管理從嚴，服務到位”，將為黨育人、為國育才價值使命融入醫(yī)學生培養(yǎng)全過程。近5年來發(fā)展學生黨員377人，轉(zhuǎn)正315人，黨員學生在學生評獎評優(yōu)中占比超過80%；共培養(yǎng)輸送2275名合格畢業(yè)生，其中畢業(yè)生黨員610名，年終就業(yè)率均達到95%以上，黨員畢業(yè)生就業(yè)率100%。畢業(yè)生就業(yè)形勢好，就業(yè)層次高，得到省內(nèi)外用人單位一致好評。

總支致力于學生德、智、體、美、勞全面發(fā)展，在校學生每年獲得“挑戰(zhàn)杯”、全國大學課外學術科技作品競賽、安徽省運動會等省級以上表彰榮譽200多項（人次）。2019年，2名在校本科生在國際期刊共發(fā)表5篇高水平SCI論文； 邱健、沈輝慧、溫誠浩3名同學分別獲評年度“中國大學生自強之星”、“安徽省大學生年度人物”、“安徽省優(yōu)秀大學生”。2020屆五年制畢業(yè)生報考研究生占比97%，其中考研全國初試達線率為72.2%，目前學院共272名應屆畢業(yè)同學被國內(nèi)外知名院校錄取，研究生錄取率為62.9%。其中68名畢業(yè)生被北京大學、復旦大學、浙江大學等“985” 、“雙一流”建設高校錄取。