南京理工大學自動化學院是在原中國人民解放軍哈爾濱軍事工程學院（哈軍工）炮兵工程系指揮儀專業(yè)和火炮系隨動系統(tǒng)專業(yè)基礎(chǔ)上，經(jīng)過了不斷改造和調(diào)整，于1984年正式成立了華東工學院自動控制系，1996年改名為南京理工大學自動化系，2006年更名為南京理工大學自動化學院。

學院設(shè)有“控制科學與工程”、“電氣工程”、“交通運輸工程”3個一級學科，“控制科學與工程” 為江蘇省一級重點學科，擁有博士學位授予權(quán)（下含“控制理論與控制工程”、“系統(tǒng)工程”等5個博士點）及博士后流動站和相應的碩士學位授予權(quán)。設(shè)有自動化、電氣工程及其自動化、軌道交通信號與控制、智能電網(wǎng)信息工程四個本科專業(yè)。

學院擁有國家級虛擬仿真實驗教學中心（電氣工程及自動化虛擬仿真實驗教學中心）、“自主智能無人系統(tǒng)信息感知與協(xié)同控制”部級國際科技合作基地、“交通信息融合與系統(tǒng)控制”工業(yè)和信息化部重點實驗室、江蘇省實驗教學示范中心（自動化實驗教學中心）、工業(yè)與信息化部實驗教學示范中心（電氣工程及其自動化實驗教學中心）以及“多運動體信息感知與協(xié)同控制”江蘇省重點實驗室、“復雜運動體智能導航與控制”江蘇省工程研究中心等高端教學科研公共平臺。

截至2020年6月，學院現(xiàn)有教職員工167人，其中專任教師137人，正高職稱39人、副高職稱62人、中級職稱42人；博導26人、兼職博導6人、碩導89人。高層人才隊伍有“雙聘院士”1人、 “長江學者”5人（特聘教授2人、講座教授3人）、“杰青” 1 人、國家級教學名師1人、國家級百千萬人才 2人、“優(yōu)青”1人、青年杰出人才1人、教育部新世紀優(yōu)秀人才2人、教育部創(chuàng)新團隊1個、江蘇省“青藍工程”科技創(chuàng)新團隊1人、江蘇省“六大人才高峰”創(chuàng)新人才團隊1個。在校本科生1500人左右，在校碩士研究生1200余人，在校博士研究近200人。

學院學術(shù)氛圍濃厚、教風嚴謹、學風踏實。自動化專業(yè)為國家級特色專業(yè)建設(shè)點、2015年獲評江蘇省A類品牌專業(yè)，已三輪通過教育部工程教育專業(yè)認證，2019年進入國家級一流本科專業(yè)建設(shè)點；電氣工程及其自動化專業(yè)是江蘇省特色專業(yè)，教育部卓越工程師培養(yǎng)建設(shè)點，2019年進入江蘇省一流本科專業(yè)建設(shè)點。學院擁有國家級教學團隊1個，設(shè)有國家級精品課程2門、江蘇省精品課程5門，2017年獲江蘇省教學成果特等獎1項、2018年獲國家級教學成果二等獎1項。本科生出國升學率50%左右，年度就業(yè)率約99%。研究生年度就業(yè)率均超99%。學院堅持以學科競賽為牽引，提升學生創(chuàng)新實踐能力，每年獲省部級以上競賽獎勵學生人次占比超過20%，近幾年來獲“創(chuàng)青春”全國大學生創(chuàng)業(yè)計劃大賽金獎1項、全國“挑戰(zhàn)杯”大學生科技作品競賽一等獎1項，“互聯(lián)網(wǎng)+”大學生創(chuàng)新創(chuàng)業(yè)大賽全國銅獎1項。  

學院瞄準國際發(fā)展前沿，面向國防建設(shè)和國民經(jīng)濟的重大需求和發(fā)展戰(zhàn)略，經(jīng)幾代人的不懈努力，形成了復雜結(jié)構(gòu)控制系統(tǒng)基礎(chǔ)理論、復雜環(huán)境自主運動平臺導航與規(guī)劃、復雜武器系統(tǒng)指揮決策與火力控制、復雜系統(tǒng)智能檢測與運動控制技術(shù)等優(yōu)勢特色研究方向，具有很強的科研能力， 取得了豐碩成果?！笆濉币詠恚@國家技術(shù)發(fā)明二等獎、國家自然科學二等獎、全國創(chuàng)新爭先獎等省部級及以上科技榮譽和獎勵近20項。近年來，承擔了國家重大儀器專項、國家優(yōu)秀青年基金、中央軍委科技委基礎(chǔ)加強計劃項目等一大批國家級重大項目。每年發(fā)表高水平期刊論文100余篇，徐勝元教授每年入選愛思唯爾（Elsevier）中國高被引學者。

學院與來自美國、英國、德國、法國、日本、加拿大、新加坡等國家的多所高校保持著良好的學術(shù)交流和科研合作關(guān)系，聘請了包括中科院院士、IFAC Fellow、IEEE Fellow 等在內(nèi)的近二十名國內(nèi)外知名學者任我學院的兼職教授和客座教授。近年來承辦了2013 IEEE-Cyber、2014 CCC、2015 JWCA、2017全國自動化教育學術(shù)年會等多個國際國內(nèi)會議，極大地提高了學院的學術(shù)水平和國內(nèi)外的知名度。