安徽農(nóng)業(yè)大學(xué)植物保護學(xué)院的前身是1960年設(shè)于原農(nóng)學(xué)系的植物保護專業(yè)，1973年獨立建系。學(xué)院先后創(chuàng)設(shè)農(nóng)業(yè)環(huán)境保護專業(yè)（環(huán)境工程專業(yè)）、應(yīng)用微生物專業(yè)（生物技術(shù)專業(yè)）、環(huán)境科學(xué)專業(yè)、生態(tài)學(xué)專業(yè)、動植物檢疫專業(yè)。2004年經(jīng)學(xué)校院系、學(xué)科調(diào)整后更名為植物保護學(xué)院。

學(xué)院作為安徽省植物病理學(xué)會和昆蟲學(xué)會理事長單位，現(xiàn)有植物病理學(xué)、昆蟲學(xué)和生物安全3個系，應(yīng)用微生物和昆蟲資源利用2個研究所；植物病理學(xué)、農(nóng)業(yè)昆蟲與害蟲防治以及農(nóng)藥學(xué)3個省級重點學(xué)科，植物保護一級學(xué)科博士學(xué)位授權(quán)點及農(nóng)業(yè)昆蟲與害蟲防治、植物病理學(xué)、農(nóng)藥學(xué)二級學(xué)科碩士學(xué)位授權(quán)點，資源利用與植物保護專業(yè)碩士學(xué)位授權(quán)點；植物病蟲害生物學(xué)國家重點實驗室合肥研究中心、安徽省綠色農(nóng)藥研發(fā)與應(yīng)用工程實驗室、作物有害生物綜合治理安徽省重點實驗室、農(nóng)業(yè)農(nóng)村部安徽省遷飛性害蟲雷達監(jiān)測站、植物病蟲害生物學(xué)與綠色防控安徽普通高校重點實驗室、農(nóng)業(yè)農(nóng)村部農(nóng)作物品種審定特性鑒定站、安徽省主要農(nóng)作物品種抗病性研究與鑒定中心、植物保護省級實驗實訓(xùn)示范中心、安徽省植保技術(shù)培訓(xùn)中心等9個國家級、省部級平臺。學(xué)院現(xiàn)有植物保護、動植物檢疫、智慧農(nóng)業(yè)3個本科專業(yè)，1個本科實驗教學(xué)中心，植物保護專業(yè)為國家特色專業(yè)和省一流專業(yè)，動植物檢疫專業(yè)為安徽省綜合改革示范專業(yè)，智慧農(nóng)業(yè)專業(yè)為學(xué)校新農(nóng)科重點建設(shè)專業(yè)。

學(xué)院現(xiàn)有教職工67人，教學(xué)科研人員53人，其中教授20人，副教授18人，博士學(xué)歷教師53人，博士生導(dǎo)師14人，省級“115產(chǎn)業(yè)團隊1個，省級教學(xué)團隊1個，國家“知名專家“1人、“有突出貢獻中青年專家”1人，省“知名專家”特聘教授2人，國外引進人才3人，安徽省學(xué)術(shù)及技術(shù)帶頭人（后備人選）4人，安徽省產(chǎn)業(yè)技術(shù)體系崗位4人，安徽省教學(xué)名師3人，省級教壇新秀2人，享受國務(wù)院、省政府津貼2人，省委領(lǐng)導(dǎo)聯(lián)系專家1人，全國模范教師1人，全國優(yōu)秀科技工作者1人，安徽省先進工作者1人，省模范教師、省優(yōu)秀教師、省師德先進個人3人。

學(xué)院立足研究教學(xué)型的辦學(xué)定位，堅持“安康天下 崇學(xué)事農(nóng)”院訓(xùn)，秉承嚴(yán)謹(jǐn)求實的學(xué)風(fēng)和團結(jié)創(chuàng)新的作風(fēng)，努力彰顯我校傳統(tǒng)學(xué)科的優(yōu)勢與特色。六十年來，學(xué)院培養(yǎng)了一大批植物保護高級技術(shù)人才。其中，博士和碩士畢業(yè)生600余人，本?？飘厴I(yè)生近7000人，為我省以及國家現(xiàn)代農(nóng)業(yè)發(fā)展做出了重要貢獻。（截止到2020年12月）