醫(yī)學技術系前身為第三臨床醫(yī)學系，成立于2009年9月，2015年3月11日第三臨床醫(yī)學系更名為“醫(yī)學技術系”。醫(yī)學技術系下設系辦公室和系學生工作辦公室，分管醫(yī)學影像技術、醫(yī)學檢驗技術、醫(yī)學實驗技術、眼視光學等四個專業(yè)以及臨床技術實驗中心、臨床醫(yī)學概論教研室、醫(yī)學影像技術、醫(yī)學檢驗技術、醫(yī)學實驗技術等專業(yè)教研室。

系主任黃金龍教授于1983年8月從昆明醫(yī)學院醫(yī)療系臨床醫(yī)學專業(yè)大學本科畢業(yè)，曾在云南省衛(wèi)生廳科教處，云南省醫(yī)學情報研究所工作，繼后在昆明醫(yī)科大學所屬的附一院和附四院從事呼吸內(nèi)科的疾病診斷和治療以及教學管理工作30余年，在國內(nèi)外重要學術刊物上發(fā)表論文共5篇，承擔過多項重要教學科研項目，其中1項為省部級項目，目前承擔著海源學院3項教學科研項目。

目前醫(yī)學技術系擁有二十四家醫(yī)院作為醫(yī)學影像技術、醫(yī)學檢驗技術、醫(yī)學實驗技術專業(yè)的畢業(yè)生實習基地：即昆明醫(yī)科大學所屬的附一、附二、附三、附四、附五、附六院、附屬甘美醫(yī)院、附屬延安醫(yī)院、附屬曲靖醫(yī)院、云南省第一人民醫(yī)院、成都軍區(qū)昆明解放軍總醫(yī)院、昆明市第三人民醫(yī)院、曲靖市第二人民醫(yī)院、西雙版納州人民醫(yī)院、文山州人民醫(yī)院、昭通市第一人民醫(yī)院、紅河州第一人民醫(yī)院、開遠市人民醫(yī)院、蒙自市人民醫(yī)院、彌勒市人民醫(yī)院、瀘西縣人民醫(yī)院、富民縣人民醫(yī)院、石林天奇醫(yī)院、昆明同仁醫(yī)院。我系學生畢業(yè)雙證獲得率為99%以上，就業(yè)率在93%以上。